Fjordhesten er kanskje aller mest kjent for sin blakke farge. Til og med folk som ikkje kan så mykje om hest vil kunne kjenne att ein fjordhest på den karakteristiske, blakke fargen. Blakke hestar får spesielle avteikn, urteikn, som ikkje andre hestar får. Desse urteikna er ei mørk stripe som går frå luggen til haletuppen og vert kalla ål, ei mørk stripe i manen som vert kalla midtstol, og dei mørke håra i halen som vert kalla halefjør. Nokre fjordhestar får også andre urteikn som sebrastriper på beina, mørke øyretuppar, ei mørk stripe over manken som vert kalla grep, og ein mørk flekk på kinnet som vert kalla njålsmerke.
Hjå fjordhesten er det fem variantar av den blakke fargen som er godkjend. Desse variantane er brunblakk, ulsblakk, raudblakk, grå og gulblakk. Det er tre ulike gen som lagar desse fem variantane. Kvart gen har to genplassar, med ein genvariant frå kvar forelder på kvar plass. Dette betyr at ein hest kan bære eit gen for ein farge som den sjølv ikkje har.
Den brunblakke fargen er den mest vanlege, og om lag 85% av alle fjordhestar har denne fargevarianten. Årsaka til at denne fargen er så utbredt er mellom anna at brunblakk har lenge vore den mest ønska fargen. I tillegg er det to dominante gen som gir brunblakk, noko som betyr at det er størst genetisk sjanse for å få denne varianten. Hos brunblakke hestar er ålen, midtstolen og halefjøra svarte eller mørkebrune.
Dei ulsblakke fjordhestane har ein kroppsfarge som er tilnærma kvit. Dette skyldast at dei bærer eit gen som vert kalla gulgenet, som bleikar kroppsfargen. Ålen er brun og midtstolen og halefjøra er svarte. I perioden 1985 -2016 var det litt over 4% ulsblakke hestar i den norske populasjonen.
Raudblakke fjordhestar har raudleg hårlag, og manglar svart pigment. Ål, midtstol og halefjør er raudlege, men kan også vere lysare.
Fjordhestar som har fargen grå er grå i hårlaget, og dei har ofte mørkegrått muleparti. Ål, midtstol og halefjør er svarte. For at hestane skal få fargen raudblakk og fargen grå må begge foreldra ha desse fargane då dette er recessive gen.
Den mest sjeldne av dei godkjende fargane er gulblakk. Ein gulblakk hest har dei same gena som ein raudblakk hest, men har også gulgenet som bleikar det raude pigmentet til gult. For å få denne fargen må altså begge foreldra ha gen for raudt, og i tillegg må den eine ha gulgenet. I perioden 1985-2016 var mindre enn 0,5% av den norske populasjonen gulblakk. Gulblakke fjordhestar har lysgul eller gyllen kvitt hårlag og har heilt lys eller svakt raud ål, midtstol og halefjør.